Wzniesiono wówczas wieżę ciśnieniową, która stała się symbolem kibucu. Aby przeciwdziałać kolejnym napaściom, w Allonim zaczął stacjonować oddział Policji Żydowskich Osiedli, a następnie Specjalna Jednostka Nocna. Wielu członków kibucu przystąpiło do żydowskiej organizacji samoobrony Hagana. Po wybuchu II wojny światowej niektórzy z nich zgłosili się na ochotnika do British Army, natomiast w Allonim utworzono jedną z baz kompanii szturmowych Palmach. W latach 1943–1946 okoliczne tereny były wykorzystywane do szkolenia żołnierzy Palmach. Równocześnie kibuc przyjmował nowych imigrantów i rozwijał się. We wrześniu 1942 roku otworzono przedszkole, powstała niewielka strefa przemysłowa, posadzono nowe drzewa, obsiano nowe pola i rozszerzono stado owiec oraz bydła mlecznego. Tymczasem w poszukiwaniu skutecznego rozwiązania narastającego konfliktu izraelsko-arabskiego w dniu 29 listopada 1947 roku została przyjęta Rezolucja Zgromadzenia Ogólnego ONZ nr 181. Zakładała ona między innymi, że kibuc Allonim miał znaleźć się w granicach nowo utworzonego państwa żydowskiego. Arabowie odrzucili tę Rezolucję i dzień później doprowadzili do wybuchu wojny domowej w Palestynie. W trakcie jej trwania rejon kibucu zajęły siły Arabskiej Armii Wyzwoleńczej, które sparaliżowały żydowską komunikację w całej okolicy.