II wojna światowa W czasie II wojny światowej NYK Line obsługiwała transport wojenny dla Cesarskiej Armii Japońskiej i Cesarskiej Marynarki Wojennej Wielkiej Japonii. Wskutek ataków alianckich okrętów wiele statków zatonęło, a wiele urządzeń portowych zostało zniszczonych w wyniku bombardowań. Statki, które przetrwały wojnę zostały skonfiskowane przez władze alianckie jako reparacje wojenne lub odebrane czasowo (1945–1946), przez wyzwolone państwa azjatyckie.
Po 1945 W wyniku wojny flota została mocno osłabiona, lecz wkrótce statki spod znaku NYK Line można było zobaczyć na światowych szlakach żeglugowych. Wskutek zmniejszającego się popytu na statki pasażerskie w latach 60., NYK postanowił rozwijać przewozy towarowe. W 1968 roku w swój pierwszy rejs, do Stanów Zjednoczonych, wyruszył pierwszy japoński kontenerowiec Hakone Maru.
W 1978 roku NYK rozpoczął współpracę z Nippon Cargo Airlines, a od 1985 roku działa w porozumieniu z amerykańskim przedsiębiorstwem kolejowym Southern Pacific, które obsługuje kontenerowy serwis kolejowy w Stanach Zjednoczonych.