Dużą rolę spełniały wielbłądy, których około 22 tysięcy wykorzystywano podczas marszu na austriacką stolicę Habsburgów.
Miasta bronił garnizon wojskowy, milicja miejska i setki niemieckich oraz hiszpańskich żołnierzy. Łącznie obrońcy dysponowali siłami 22 tysięcy piechoty i 2 tysiącami jazdy. Piechota (landsknechci) uzbrojona była w piki i arkebuzy. Żołnierze ci stosowali taktykę walk sprawdzoną podczas wojen włoskich. Przewaga oblegających była jednak widoczna, a wartość obronna XIII-wiecznych murów miejskich – niewielka. W tej sytuacji Ferdynand I zwrócił się o pomoc do Świętego Cesarstwa Rzymskiego, a także do swojego brata Karola V, który jednak zaangażowany był w walki z Francuzami we Włoszech.
Obroną Wiednia dowodzili Niklas von Salm i Wilhelm von Roggendorf. Hrabia Salm nakazał wzmocnienie murów miejskich umocnieniami ziemnymi, po czym ustanowił pozycje dla 72 dział obronnych. Wszystkie budynki znajdujące się poza murami miejskimi zostały rozebrane na rozkaz hrabiego. Miało to zapewnić wolne pole ostrzału obrońcom i uniemożliwić atakującym znalezienie schronienia. Następnie Salm zarządził ewakuację tysięcy kobiet i dzieci, które później podczas odwrotu wpadły w ręce Osmanów. Większość z nich sprzedana została w niewolę lub zmarła zamęczona na śmierć.