Członek Komitetu Nauk Politycznych PAN (od 1990), Rady Edukacji Europejskiej MEN (1996–2000), Rady Głównej Szkolnictwa Wyższego (1996–1999) oraz Polskiego Towarzystwa Nauk Politycznych (1985–1998 wiceprezes), International Law Association, Polish European Community Studies Association i Lubelskiego Towarzystwa Naukowego. Ekspert MEN (od 1998). Zasiadał w radach naukowych Polskiego Instytutu Stosunków Międzynarodowych w Warszawie, Instytutu Europy Środkowo-Wschodniej w Lublinie oraz Instytutu Studiów Strategicznych w Krakowie. Uczestniczył w pracach 9 kolegiów redakcyjnych. W latach 1991–1996 redaktor naczelny "Polish Political Science Yearbook".
Wykładał na uczelniach amerykańskich: University of Pennsylvania, University of Minnesota, Macalester College w St. Pauli, University of Wisconsin. Wypromował ponad 30 doktorów, m.in. Hannę Dumałę (1994) czy Beatę Surmacz (2001).
Zainteresowania naukowe Z. J. Pietrasia koncentrowały się wokół zagadnień teorii stosunków międzynarodowych, teorii polityki, prawa międzynarodowego publicznego oraz europejskiego prawa wspólnotowego. Był autorem prawie 200 publikacji naukowych.