Maria Kozłowska prowadziła badania nad przydatnością odmian większości gatunków warzyw. Zajmowała się w tym aspekcie opracowaniami rejonizacyjnymi dla Polski południowej, prowadziła też pionierskie w Polsce badania nad zastosowaniem folii w warzywnictwie w celu przyspieszenia plonowania. Była projektantem oraz opiekunem naukowym baz surowcowych w Zakładach Przetwórstwa Owocowo-Warzywnego, m.in. w Jaśle, Rzeszowie, Tarnowie i Nowym Sączu. Działała również jako doradczyni naukowa w Centralnym Ośrodku Badania Odmian Roślin Uprawnych oraz była kierownikiem badań odmianoznawczych Rejestru Odmian. Szczególnym zainteresowaniem obdarzyła czosnek. Ogłosiła łącznie 65 publikacji, w tym osiem podręczników. Pod jej kierunkiem dyplomy magisterskie zdobyło 65 osób, jedna obroniła doktorat (dwie prace doktorskie były na ukończeniu w chwili usunięcia Kozłowskiej z uczelni).