Władza Magnusa w Szwecji nie trwała jednak długo, bo już po kilku latach, około 1130 pochodzący z Götalandu Sweker I Kolsson (być może syn owego Kola, króla Gotów) pokonał Magnusa i wygnał go do Danii.
W Danii Magnus zaangażował się w konflikt jaki powstał między jego ojcem Nielsem Starym a jego bratankami – Kanutem Lavardem i Erykiem II zwany Pamiętnym. Źródłem konfliktu było przejęcie całej władzy w Danii przez Nielsa Starego, który na czas nieobecności uczestniczącego w pielgrzymce do Ziemi Świętej króla Eryka I został regentem na czas małoletniości synów Eryka I, ale już po śmierci króla na Cyprze (1103) odsunął swoich bratanków od władzy i został jedynym władcą Danii. Prawdopodobnie jeszcze zanim Magnus stracił tron szwedzki, jego ojciec zaaranżował małżeństwo Magnusa z Ryksą, córką księcia Polski Bolesława Krzywoustego. Małżeństwo to miało wzmocnić pozycję Nielsa przed walką o koronę duńską z Kanutem Lavardem, który posiadając włości w Szlezwiku był lennikiem niemieckiego cesarza Lotara III.