Jednocześnie od 1864 był wykładowcą w Instytucie Muzycznym w Warszawie.
Rodzina Ojciec, Czesław Moniuszko (1790–1870), był uczestnikiem kampanii napoleońskiej 1812 roku i utalentowanym rysownikiem – do dziś zachowało się wiele jego prac uwieczniających rodzinę i dorastającego syna. Przejawiał również aspiracje literackie – prowadził rodzinną kronikę, napisał również poemat pt. Rok 1812 – wierszowaną opowieść o kampanii napoleońskiej. Matka, Elżbieta z Madżarskich (zm. 1850), grała ponoć na klawikordzie i ładnie śpiewała.
Stanisław Moniuszko swoją przyszłą żonę Aleksandrę Müllerównę poznał podczas pobytów w Wilnie ze swoim stryjem, z którym zatrzymywał się zazwyczaj w kamienicy jej rodziny. W wieku zaledwie 17 lat zaręczył się, jednak zanim doszło do ślubu, wyjechał do Berlina, aby dalej kształcić się muzycznie. 25 sierpnia 1840 Stanisław Moniuszko zawarł w Wilnie ślub z Aleksandrą Müllerówną, z którą miał dziesięcioro dzieci: Elżbietę, Kazimierza, Stanisława, Bolesława, Marię, Jadwigę, Zofię, Aleksandrę, Jana i Cecylię.
Jego syn Jan Czesław Moniuszko (1853–1908) był malarzem rodzajowym, przedstawiał postacie w strojach polskiej szlachty oraz w strojach epoki rokoka.