Adams promował politykę nietolerancji religijnej, skierowaną szczególnie do chrześcijan, która później stała się wielowiekową polityką prześladowań religijnych, przede wszystkim wobec Europejczyków i chrześcijan dowolnego wyznania, ale ostatecznie obejmującą także konwertytów z Japonii. Wywarł także wpływ na izolacjonistyczną politykę Japonii, która blokowała wjazd i wyjazd ludzi z kraju oraz blokowała handel z zagranicą.
Przez ponad dekadę władze Tokugawy nie pozwalały Adamsowi i Joostenowi na opuszczenie Japonii. Chociaż ostatecznie otrzymał pozwolenie na powrót do domu do Anglii, Adams zdecydował się pozostać w Japonii, gdzie zmarł w wieku 55 lat. Jego urodzone w Japonii dzieci, Joseph i Susanna, zostały prawdopodobnie wydalone do Batavii w 1635 r.; kiedy Tokugawa Iemitsu odizolował Japonię od handlu zagranicznego, zniknęły one z ówczesnych zapisów historycznych.
Życiorys Wkrótce po tym, jak Adams przybył do Japonii, został głównym doradcą shōguna Ieyasu Tokugawy. Budował dla niego statki na wzór europejski, pełnił także kluczową rolę w kontaktach handlowych z Holandią i Anglią. Zmarł w Japonii w wieku 55 lat.