Kompromisowa formuła zjednoczenia nie zadowalała jednak wszystkich stron konfliktu. Opór wobec niej zapoczątkował Eutyches, zwierzchnik jednego z klasztorów w Konstantynopolu. Głosił on, że ludzka natura Jezusa została w całości wchłonięta przez naturę boską. Przeciwko Eutychesowi wystąpili Euzebiusz z Dorylajon i Teodoret z Cyru, których poparli biskup Konstantynopola Flawian i biskup Rzymu Leon I. Natomiast w obronie Eutychesa stanęli między innymi biskup Aleksandrii Dioskoros i cesarz Teodozjusz. W roku 449, na drugim soborze efeskim, zatwierdzono formułę Eutychesa. Uchwalono dogmat, w myśl którego Chrystus miał dwie natury przed wcieleniem, natomiast jedną po wcieleniu. Na soborze złożono z urzędów tych biskupów, który byli przeciwnikami uchwalonej formuły – w tym Flawiana z Konstantynopola.