W roku 1888, gdy służył w armii w Birmie, przemierzył cały ten kraj od miejscowości Mulmejn w górę rzeki Saluin, a następnie wzdłuż Mekongu dotarł do południowo-wschodnich Chin. Wróciwszy w roku następnym do Indii ponownie przekroczył Karakorum wracając do Jarkendu, by zająć się topograficznymi badaniami Pamiru, za co został nagrodzony w roku 1890 Złotym Medalem Royal Geographical Society. W tym samym czasie kapitan Younghusband przeniesiony został do politycznego departamentu British Army zajmującego się Wielką Grą – rywalizacją z Rosją carską o wpływy w Azji Środkowej. Podczas jednego z pobytów w Pamirze spotkał swego kontrpartnera, oficera armii rosyjskiej Bronisława Grąbczewskiego, z którym przedyskutował możliwość konfliktu brytyjsko-rosyjskiego.
W 1892 roku wyprawił się do północnego Afganistanu, gdzie przez dwa lata badał bieg Amu-darii.
W latach 1903–1904 wkroczył do Tybetu na czele trzech tysięcy brytyjskich żołnierzy, zabijając 600-700 TybetańczykówFrench, s. 222-227.. Następnie po zawarciu traktatu pozwalającego Brytyjczykom na utworzenie misji handlowych w Gyangzê, Gartoku i Jatungu wycofał się z Tybetu. Był pierwszym Europejczykiem jaki dotarł do Lhasy od roku 1846Waldman, Wexler, s.