Największym użytkownikiem Morav był Aerofłot, gdzie używano ich jako powietrznych taksówek. Użytkował on 68 L-200A i 113 L-200D, ostatnie dostawy miały miejsce w 1966Według V. Nemecka Atlas.., Aerofłot łącznie użytkował 170 L-200.. Pod koniec lat 70. jednak wycofano większość z tych samolotów, w ramach tendencji do użytkowania jedynie sprzętu radzieckiego. Kilka Morav zagrało w radzieckich filmach wojennych rolę niemieckich myśliwców Messerschmitt Bf 110, nieco do nich podobnych.
Około 100 Morav było używanych w czechosłowackim lotnictwie cywilnym, głównie aeroklubach Svazarmu (ok. 50), liniach lotniczych Agrolot (od 1969: Slov-Air) i ČSA (45, z tego 30 L-200D) i firmach, jak np. Škoda do celów dyspozycyjnych. Używano ich też jako sanitarnych. 20 używano w czechosłowackim lotnictwie wojskowym (z tego 16 L-200A), głównie do treningu. Około 50 sprzedano do Polski, gdzie używano ich głównie w lotnictwie sanitarnym, a także aeroklubach. W latach 1972–73 odkupiono kilkadziesiąt egzemplarzy od ZSRR. Morava zakupiona w 1961 roku przez Ministerstwo Górnictwa dla kombinatu w Turowie (znaki SP-NAA) była pierwszym powojennym samolotem dyspozycyjnym w Polsce używanym przez przemysł. W latach 70. Morava stała się najliczniej używanym samolotem dyspozycyjnym w Polsce.