Od 2003 do 2005 był doradcą w Narodowym Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej.
W wyborach do Parlamentu Europejskiego w 2004 bez powodzenia kandydował z listy Prawa i Sprawiedliwości.
Od 7 listopada 2005 do 6 maja 2006 był sekretarzem stanu w Ministerstwie Transportu i Budownictwa, następnie do 3 grudnia 2007 podsekretarzem stanu w Ministerstwie Transportu.
W październiku 2010 córka Eugeniusza Wróbla zgłosiła jego zaginięcie. Na skutek prowadzonych czynności ustalono, iż poszukiwany nie żyje. Prokurator Prokuratury Rejonowej w Rybniku przedstawił synowi Eugeniusza Wróbla zarzut zabójstwa ojca, podejrzany w swoich pierwszych wyjaśnieniach – według relacji prokuratora – przyznał się do popełnienia tego czynu. W toku śledztwa ustalono, że zwłoki Eugeniusza Wróbla zostały wrzucone do Zalewu Rybnickiego. Śledztwo zakończyło się skierowaniem przez prokuratora do właściwego sądu wniosku o umorzenie śledztwa i zastosowanie środków zabezpieczających (osadzenia w zakładzie zamkniętym) w związku ze stwierdzeniem niepoczytalności sprawcy. Uroczystości pogrzebowe odbyły się 16 listopada 2010 w kościele pw. św. Jadwigi Śląskiej w Rybniku.
Został pochowany na cmentarzu parafii Matki Boskiej Bolesnej w Rybniku (sektor 202/14/2).