Swój pierwszy profesjonalny kontrakt podpisał w lecie 2005, wiążąc się z klubem na dwa lata. Przed rozpoczęciem sezonu nabawił się kontuzji więzadła kolanowego. Przez komplikacje, które utrudniały całkowite wyleczenie urazu, niemal cały sezon był dla Vaughana stracony.
28 sierpnia 2006 roku Anglik powrócił do gry i wystąpił w meczu rezerw przeciwko Newcastle United. Na murawie przebywał 63 minuty i zdążył zdobyć gola. Dwa tygodnie później otrzymał powołanie do kadry Anglii U-19.
W spotkaniu tejże drużyny ze Szwajcarią, Vaughan wszedł na boisko podczas drugiej połowy meczu i w 90 minucie strzałem głową zdobył zwycięskiego gola, dzięki czemu Anglia zwyciężyła 3:2. Wkrótce strzelił też swoją drugą bramkę dla Evertonu, a miało to miejsce w 93 minucie wygranego 2:0 spotkania z West Ham. Pomimo kontuzji stopy, której nabawił się w meczu z Boltonem, zdążył wystąpić w ostatnich spotkaniach sezonu, w tym w pojedynku z Chelsea F.C. na Stamford Bridge.
Pod koniec sezonu 2006/2007 podpisał nową umowę z Evertonem, ważną do 2011 roku. Zwyciężył w plebiscycie oficjalnej strony internetowej klubu na najlepszego młodego gracza sezonu. Wkrótce został powołany do kadry Anglii U-21 na Mistrzostwa Europy U-21.