Na początku 1993 roku Nikiforow trafił do rosyjskiego Spartaka Moskwa, w którym stał się liderem środka obrony. Już w swoim pierwszym sezonie wywalczył ze Spartakiem mistrzostwo Rosji oraz zadebiutował w rozgrywkach Ligi Mistrzów. W 1994 roku osiągnął kolejne sukcesy - został zarówno mistrzem kraju, jak i zdobywcą Pucharu Rosji. W 1995 roku zajął ze Spartakiem trzecie miejsce, a w 1996 po raz trzeci świętował zdobycie mistrzostwa kraju. Przez 4 lata rozegrał dla Spartaka 85 meczów i strzelił 16 bramek.
Latem 1996 Nikiforow przeszedł do hiszpańskiego Sportingu Gijón. W Primera División swój pierwszy mecz zaliczył 2 września, a Sporting wygrał 3:2 na wyjeździe z Espanyolem. Z drużyną z Gijón Nikiforow utrzymał się w lidze, ale rok później zajął z nią ostatnie dwudzieste miejsce oznaczające spadek do Segunda División.
W 1998 roku Nikiforow podpisał kontrakt z PSV Eindhoven. W 1999 roku zajął z tym klubem trzecie miejsce w Eredivisie, a rok później wywalczył swój pierwszy tytuł mistrza Holandii. Natomiast w sezonie 2000/2001 obronił mistrzostwo, a w 2002 roku został wicemistrzem Holandii. W 2003 roku Jurij wyjechał do Japonii. Przez rok grał w Urawie Red Diamonds, z którą zdobył Puchar Japonii.