Wraz z początkiem odrodzenia narodowego na Litwie, Seminarium Duchowne w Kownie stało się jednym z jego ośrodków. W 1884 r. ukazało się tu kilka numerów rękopiśmiennej gazety "Lietuva", w latach 1888–1890 działało tajne Towarzystwo Miłośników Litwy, którego inicjatorem był kleryk Juozas Tumas-Vaižgantas, a także towarzystwo św. Tomasza, koło kleryków. W latach 1892–1894 i 1909-1932 w seminarium wykładał poeta i dramaturg ks. Jan Maculewicz, co przyczyniło się do umocnienia pozycji języka litewskiego w procesie edukacyjnym. W 1909 roku został mianowany rektorem. Od tego momentu nauczanie w seminarium odbywało się wyłącznie w języku litewskim. W 1911 r. studiowało 139 uczniów.
W czasie I wojny światowej budynek seminaryjny został zajęty przez wojska niemieckie i zamieniony na szpital wojskowy. 30 października 1914 r. seminarium zostało przeniesione do dworu w Woszokianach niedaleko Traszkun (jego właściciele zostali później pochowani w pobliżu, w kaplicy Umėnai). Po odzyskaniu przez Litwę niepodległości, w 1918 r. seminarium powróciło do Kowna. W 1922 r. odbyło się 6 kursów: I, II – filozoficzny i III–VI – teologiczny. Od 1922 r., po utworzeniu Wydziału Teologii i Filozofii Uniwersytetu Litewskiego, Seminarium Duchowne zostało połączone z tym wydziałem.