147..
W okresie insurekcji kościuszkowskiej (1794) był członkiem Rady Zastępczej Tymczasowej, brał udział również w posiedzeniach klubu jakobinów warszawskich, którego zadaniem było wpływać na rządy powstańcze i na sądownictwo rewolucyjne, był też zastępcą członka Rady Najwyższej Narodowej.
Po upadku powstania, m.in. razem z bratem Józefem i Hugonem Kołłątajem, został w 1795 uwięziony przez Austriaków w Ołomuńcu, a następnie w twierdzy Josephstadt, którą opuścił, po 40 miesiącach więzienia, w 1798 roku.
Po zwolnieniu, przez Drezno udał się do Paryża, gdzie przybył jesienią 1798 wraz z rodziną, tj. żoną i córkami. Dzięki poparciu francuskiego rządu złożonego wówczas z jakobinów, został inspektorem żywnościowym Armii Italii (w armii francuskiej służył już jego brat Józef). We Francji nawiązał kontakty z generałem Janem Henrykiem Dąbrowskim, który przystąpił do organizowania polskich Legionów. W 1800 roku został wysłany przez Dąbrowskiego do Napoleona, by przedstawić plan wkroczenia Legionów Polskich przez Morawy do Galicji, co jednak nie zyskało akceptacji Napoleona.
W tym czasie I. Zajączek planował, iż będzie przedstawicielem Legionów i gen. Dąbrowskiego w Paryżu, jednak jego plany pokrzyżowało w 1801 uwięzienie związane z aferą finansową (rozprowadzanie fałszywych bankocetli).