Do dziś nie pojawił się w czasopiśmie ton opozycji, lecz wciąż podejmuje dialog z współczesnym światem, nie ukrywając prawd chrześcijańskich, bezkompromisowo szukając dialogu między wiarą a kulturą.
Długi pontyfikat Jana Pawła II wpłynął w sposób nieunikniony na wybory tematów pisma, propagując perspektywy misyjne Kościoła i apologetyczne. Podejmując temat Nowej Ewangelizacji w świecie mającym wiele innych niż ewangeliczne punkty odniesień.
Polemiki aktualne „La Civiltà Cattolica” i antyjudaizm David Kertzer w swojej książce Papieże przeciw ŻydomTytuł oryginału: The Popes against the Jews, Alfred A. Knopf Inc. 2001 z 2001 oskarża Kościół katolicki o wspieranie antysemityzmu i antyjudaizmu totalitaryzmów XX w. Przypomina, że w 1882 „La Civiltà Cattolica” doniosła z satysfakcją o pierwszych współczesnych antysemickich ruchach politycznych, które organizowały kongresy międzynarodowe. Przytacza, że w 1890 pismo opublikowało trzy długie artykuły o kwestii żydowskiej, które to następnie zostały opublikowane w 90-stronnicowej książcePor. I papi contro gli ebrei.