Na stacji Warszawa Gdańska, linia zbiega się z linią kolejową nr 509, a następnie przechodzi nad Wisłą. W miejscu dawnego posterunku odgałęźnego Jagiellonka (obecnie obszar stacji Warszawa Praga) odgałęzia się linia kolejowa Warszawa Praga R201 – Warszawa Praga R15 (dawniej Warszawa Jagiellonka – Warszawa Targówek). Dalej linia kieruje się na północ wraz z linią kolejową Warszawa Wschodnia Osobowa – Gdańsk Główny, a tuż po wiadukcie linii kolejowej nr 501, od linii odchodzą kolejno linia kolejowa Warszawa Praga R26 – Warszawa R106, linia kolejowa Warszawa Praga R22 – Warszawa Praga R25, linia kolejowa Warszawa Praga R28 – Warszawa R30, linia kolejowa Warszawa Praga R33 – Warszawa R97 oraz linia kolejowa Warszawa Praga R41 – Warszawa R92, które są głównie wykorzystywane przez pociągi towarowe. Linia kończy bieg na rozjeździe 45, przed przystankiem Warszawa Praga.