Historia badań Camillo Golgi odkrył istnienie organellum w kwietniu 1898 roku. Naukowiec prowadził badania na neuronach pochodzących z móżdżka sowy. W kolejnych latach organellum zostało wykryte w innych typach komórek. Wielu cytologów wyrażało wątpliwości co do faktycznego istnienia struktury, uznając obserwowane organellum za artefakt wynikający ze sposobu przygotowania preparatów. Dopiero w połowie lat pięćdziesiątych XX wieku obserwacje z użyciem mikroskopu elektronowego ostatecznie rozwiały wątpliwości. Początkowo w literaturze określano tę strukturę mianem „aparatu”, dopiero w roku 1956 pojawił się synonimiczny termin „kompleks Golgiego”. W roku 1998 odkryto dodatkową strukturę w komórkach eukariotycznych pośredniczącą w przekazywaniu substancji z ER do aparatów Golgiego. Struktura nazywana jest ERGIC.