W 1999 roku Darkthrone wydał album Ravishing Grimness, który charakteryzował się czystszą produkcją oraz wyraźnymi wpływami wczesnej twórczości zespołu Celtic Frost. W podobnym stylu, lecz bardziej surowym, stworzony został kolejny album Plaguewielder (wydany w 2001 roku). Muzycy jakość produkcji określili stwierdzeniem "more necro" (z ang. "bardziej martwiczna").
W roku 2003 zespół wydał album Hate Them. Pomimo wykorzystania elektronicznych introdukcji do tego i kolejnego wydawnictwa, muzycznie Darkthrone pozostał wierny stylowi wypracowanemu na swych pierwszych płytach blackmetalowych. Sardonic Wrath został wydany w 2004 roku i jest to ostatnia płyta stworzona wyłącznie w stylu blackmetalowym.
Darkthrone wydał swój jedenasty album The Cult Is Alive na początku 2006 roku. Stanowi on wielkie zmiany w stylu zespołu, ponieważ zawiera więcej muzyki punk i crust punk niż w poprzednich nagraniach. Chociaż blackmetalowe korzenie zespołu są nadal widoczne, zauważalne jest znaczniejsze niż na poprzednich albumach odejście od typowego brzmienia gatunku.