Espanyol W wieku 22 lat trafił do występującego w Primera División Espanyolu, z którym w debiutanckim sezonie zajął szóste miejsce w ligowej tabeli. W ekipie Periquitos Pochettino grał przez niemal siedem sezonów, w trakcie których w 2000 roku wywalczył Puchar Króla. Łącznie w barwach Espanyolu argentyński obrońca wystąpił w 216 ligowych pojedynkach i zaliczył jedenaście trafień.
Paris Saint-Germain i Girondins Bordeaux W styczniu 2001 podpisał kontrakt z Paris Saint-Germain F.C. Jego zespół zajmował kolejno dziewiątą, czwartą i jedenastą lokatę w tabeli Ligue 1. Kolejnym klubem w karierze Pochettino było Girondins Bordeaux, jednak reprezentant Argentyny grał tam tylko przez rundę jesienną sezonu 2003/2004.
Powrót do Espanyolu W zimowym oknie transferowym Mauricio Pochettino powrócił do Espanyolu, z którym po raz drugi w karierze wywalczył Puchar Króla. Po trzech kolejnych sezonach spędzonych w tym zespole zdecydował się zakończyć piłkarską karierę.