W 1990 ustanowił doroczną Nagrodę Kisiela, przyznawaną najpierw przez niego samego, a po jego śmierci przez kapitułę złożoną z jego syna Jerzego i laureatów z lat poprzednich.

W latach 1968–1980 pisał osobisty dziennik, który objął kilka brulionów. Dziennik został wydany po jego śmierci, pod nazwą Dzienniki.

Stefan Kisielewski skomponował wiele utworów muzycznych, utrzymanych w stylu XX-wiecznego neoklasycyzmu, za które był wielokrotnie nagradzany w kraju i za granicą. Był również autorem szeregu powieści, książek o muzyce (m.in. Gwiazdozbioru muzycznego), a także setek felietonów i publikacji politycznych, między innymi w czasopiśmie Res Publica Nowa. Autor terminu socrealizm liturgiczny.

Życie prywatne mały|Grób Stefana, Wacława i Lidii Kisielewskich na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie Jego syn Wacław był współtwórcą duetu fortepianowego Marek i Wacek, a córka, Krystyna Kisielewska-Sławińska, została romanistką i tłumaczką. Młodszy syn, Jerzy, został dziennikarzem radiowym i telewizyjnym.

Zmarł w Warszawie, pochowany został na cmentarzu Powązkowskim (kwatera 172-6-23).

Kompozycje