Nagrody i odznaczenia Nagroda Ministra Kultury i Sztuki (1955)Kto jest kim w Polsce, Interpress 1984. II nagroda na Festiwalu Muzyki Polskiej za Koncert na orkiestrę kameralną (1955) I nagroda na konkursie na pieśń Mickiewiczowską za Bakczysaraj w nocy (1955) Nagroda muzyczna Miasta Krakowa (1956) Nagroda Fundacji im. Alfreda Jurzykowskiego w Nowym Jorku (1973) Nagroda im. Andrzeja Struga w Warszawie (1979) Nagroda Związku Kompozytorów Polskich (1982) Nagroda Fundacji Schmidheinystiftung w St. Gallen za całokształt twórczości (1983) Nagroda publicystyczna im. Adolfa Bocheńskiego (1988) Odznaka honorowa ZAiKS-u (1988) Krzyż Wielki Orderu Odrodzenia Polski (pośmiertnie, 1991)
Upamiętnienie Od 1990 przyznawana jest Nagroda Kisiela. W 2015 została powołana Fundacja im. Stefana Kisielewskiego. W 2000 CXI Liceum Ogólnokształcące w Warszawie otrzymało imię Stefana Kisielewskiego (od 2003 Zespół Szkół nr 5 im.