Szybko został odbudowany, gdyż wzmiankowany był w latach 1325–1327 w rejestrze świętopietrza, też był to kościół drewniany i nieduży. Nie wiadomo, czy przetrwał pożar miasta w 1407 roku. Pewne jest, że był czynny w 2 dekadzie XV wieku, gdyż w roku 1414 i 1418 są o nim wzmianki. Co się stał z tym kościołem, nie wiadomo. Nie uległ prawdopodobnie pożarowi, ale został rozebrany ze względu na zły stan techniczny i wiek (wówczas ponad 100 lat) oraz niewystarczającą pojemność. XV wiek to rozkwit gospodarczy Proszowic i mieszkańcy mogli pozwolić sobie na budowę murowanej świątyni w stylu gotyckim, o wiele większej od poprzednich. Nowy murowany kościół czynny był już w 1453 roku, gdyż z tego roku pochodzi dokument rozsądzający spór pomiędzy Goworkiem dziedzicem Makocic a rajcami miejskimi, w sprawie rozmieszczenia w owej świątyni ołtarzy z kościoła dawnego. W swej treści mówi on jednoznacznie, że kościół w Proszowicach jest nowy i od murów wybudowany. Jan Długosz porównywał go z najpiękniejszymi świątyniami Krakowa. Najstarsze dokumenty wymieniają, że miał podwójny tytuł: Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny i św. Jana Chrzciciela.