Wystąpił także w rozgrywkach Pucharu UEFA i Pucharu Zdobywców Pucharów.
Po 6 latach pobytu w Leverkusen Lupescu zmienił otoczenie i został piłkarzem innego klubu wywodzącego się z Zagłębia Ruhry, Borussii Mönchengladbach. Po raz pierwszy w nowym klubie zagrał 10 sierpnia w meczu Pucharu Niemiec z VfR Mannheim (2:0), natomiast debiut w ligowym meczu zaliczył 16 sierpnia w spotkaniu z Arminią Bielefeld, zremisowanym 0:0. W Borussii Ioan spędził dwa lata, jednak nie osiągnął sukcesów, a w sezonie 1997/1998 przyczynił się do utrzymania drużyny w pierwszej lidze.
Latem 1998 Lupescu wrócił do Dinama Bukareszt. Już w pierwszym sezonie po powrocie został wicemistrzem Rumunii i zdobywając 8 goli poprawił swój najlepszy dorobek bramkowy w karierze. Natomiast w sezonie 1999/2000 został mistrzem kraju. Latem 2000 wypożyczono go na pół roku do tureckiego Bursasporu. W 2001 roku wrócił do Dinama i w dwóch kolejnych sezonach zdobył Puchar Rumunii, a latem 2002 zakończył karierę.