W sezonie 2003/2004 zakończyła się seria sukcesów z początku XXI wieku. Mostostal zajął szóste miejsce w kraju i odpadł w ćwierćfinale mistrzostw Polski po rywalizacji z PZU AZS Olsztyn.
Kryzys i zmiana właściciela
Sezony 2004/2005 i 2005/2006 przyniosły pogorszenie wyników sportowych oraz problemy finansowe. W sezonie 2005/2006 Mostostal zakończył rozgrywki na ósmym miejscu. W tym okresie klub znalazł się w trudnej sytuacji finansowej, a dalszy udział w rozgrywkach stał pod znakiem zapytania.
Przełomowym wydarzeniem organizacyjnym był 2007 rok. Zakłady Azotowe Kędzierzyn, które od lat należały do najważniejszych sponsorów zespołu, zdecydowały się zwiększyć swoje zaangażowanie kapitałowe. W czerwcu 2007 roku ZAK stały się większościowym udziałowcem sportowej spółki Mostostal-Azoty. Za 500 tys. zł zakład przejął pakiet kontrolny spółki, a jednocześnie zadeklarował dodatkowe 2 mln zł inwestycji w klub. Kapitał zakładowy sportowej spółki został podniesiony z 500 tys. zł do 1 mln zł.