Między 1882 a 1906 nauczał prawa kanonicznego na Uniwersytecie Gregoriańskim; ostatnie dwa lata będąc jego rektorem.
Po śmierci generała Luisa Martína, Wikariusz Generalny zwołał Kongregację na 31 sierpnia 1906, która jednak rozpoczęła się dzień później i trwała do 18 października. W trzecim głosowaniu, 8 września, 64-letni Franciszek Wernz został wybrany generałem.
Podczas swego generalatu promował duchowość ignacjańską, troszczył się o wzrost Towarzystwa w Ameryce Pn., gdzie powstawały nowe prowincje, domy i kolegia jezuitów. Kontynuował zapoczątkowane przez poprzednika Luisa Martína opracowywanie źródeł do historii jezuitów wydawane w serii Monumenta Historica Societatis Jesu. Zachęcał do działalności pisarskiej i wydawniczej. Zainspirował powstanie periodyków wychodzących po dziś dzień: Voces e Maria ad Lacum przekształcony później w Stimmen der Zeit w Niemczech i Przegląd Powszechny w Polsce.
Jeden z jego ostatnich listów napisanych 25 grudnia 1913 do całego Towarzystwa dotyczył przypadającej w następnym roku setnej rocznicy przywrócenia Towarzystwa Jezusowego na świecie.