W styczniu 1991, wkrótce po pierwszych pluralistycznych wyborach, został prezydentem Socjalistycznej Republiki Macedonii. Po ogłoszeniu przez Macedonię niepodległości pozostał na tym urzędzie jako jej pierwszy prezydent. W wyborach powszechnych w 1994 z powodzeniem ubiegał się o reelekcję na okres pięcioletniej kadencji, którą zakończył w 1999. W okresie prezydentury dążył do utrzymania kraju poza konfliktami zbrojnymi, które wybuchły na Bałkanach po rozpadzie Jugosławii.
3 października 1995 dokonano na niego zamachu. Gdy przejeżdżał niedaleko hotelu Bristol, w stojącym przy drodze pojeździe eksplodował zdalnie zdetonowany ładunek wybuchowy. W zdarzeniu zginął kierowca polityka oraz jeden z przechodniów, prezydent na skutek obrażeń doznał ślepoty jednego oka. Podczas jego niedyspozycji od 4 października do 17 listopada 1995 obowiązki głowy państwa czasowo wykonywał przewodniczący Zgromadzenia Republiki Macedonii Stojan Andow. Sprawcy i zleceniodawcy zamachu nie zostali ustaleni.