Latem 2000 roku Jakobsson wyjechał do niemieckiej Hansy Rostock, w której stał się czwartym Szwedem obok Marcusa Lantza, Magnusa Arvidssona i Petera Wibråna. W Bundeslidze zadebiutował 11 sierpnia w przegranym 0:1 wyjazdowym meczu z Borussią Dortmund. 3 marca zdobył gola w zwycięskim 3:2 spotkaniu z Bayernem Monachium. Z Hansą na ogół zajmował miejsca w dolnej połówce tabeli i łącznie rozegrał dla niej 99 spotkań, w których strzelił 4 bramki.
W lipcu 2003 roku Jakobsson przeszedł do duńskiego Brøndby IF, gdzie podobnie jak w Hansie, był podstawowym zawodnikiem. W 2004 roku został wicemistrzem Danii, a w sezonie 2004/2005 przyczynił się do wywalczenia mistrzostwa oraz Pucharu Danii. W trakcie sezonu opuścił Brøndby i został zawodnikiem angielskiego Southampton F.C. W Premiership swój pierwszy mecz rozegrał 13 września, a „Święci” zremisowali w nim 0:0 z Charltonem Athletic. Southampton zajął jednak ostatnie miejsce i spadł do Football League Championship.
Latem 2005 Andreas wrócił do Szwecji i znów był piłkarzem Helsingborga. W 2006 roku zdobył z nim Puchar Szwecji.