Miasto Cölln (słowiańskie Kolno), położona na wyspie na Sprewie część podwójnego osiedla Berlin-Cölln, zostało po raz pierwszy wspomniane w 1237 r., zaś Berlin, położony na prawym (północnym) brzegu rzeki, w 1244. Przez Berlin-Cölln przebiegała trasa Via Imperii, łącząca Szczecin z Rzymem. W 1307 r. zbudowano wspólny ratusz dla obu miast.
W latach 1373–1415 wraz z Marchią Brandenburską (unia personalna z Krajami Korony Czeskiej w latach 1373–1378) miejscowość znajdowała się we władaniu dynastii Luksemburgów. W 1380 r. pożar zniszczył centrum miasta. Dwa lata po objęciu Marchii przez Hohenzollernów przeniesiono stolicę z Brandenburga nad Havelą do Berlina.
mały|left|Berlin w XVII wieku W latach 1443–1451 wzniesiono zamek. Od 1451 r. Berlin był rezydencją brandenburskich margrabiów i elektorów. W trakcie wojny pomiędzy Brandenburgią a śląskim księstwem głogowskim w 1477 lub 1478 r. pod Berlin dotarł najazd piastowskiego księcia głogowsko-żagańskiego Jana II Szalonego. W XVII wieku Berlin został rozbudowany o kilka przedmieść. W pierwszej połowie XVII w. miasto odwiedził późniejszy król Polski, Jan Sobieski. Wojna trzydziestoletnia (1618–1648) spowodowała zmniejszenie liczby mieszkańców z 14 000 do 8000 osóbPierre Chaunu Cywilizacja wieku oświecenia Państwowy Instytut Wydawniczy (seria Rodowody Cywilizacji), wyd. 1993, s. 403..