opiekę nad Leighton przejęła wówczas jej babcia. Pytana o swoje dzieciństwo, Meester przyznała, że dorastała w normalnym domu, pomimo kryminalnej przeszłości rodziców; dodała również, że ich doświadczenia sprawiły, że ma otwarty umysł i nie osądza innych: „Uświadomiłam sobie, że nie można sądzić innych – a zwłaszcza swoich rodziców – na podstawie tego, co robili w przeszłości, bo ludzie się zmieniają.”, w: People [on-line], 2009. [dostęp: 2012-09-13] Leighton posiada młodszego o osiem lat brata, Alexandra.
Meester dorastała w Marco Island na Florydzie, gdzie występowała w sztukach wystawianych przez lokalny teatr, w: The CW Television Network. [dostęp: 2011-07-28]. Gdy ukończyła 11 lat, wraz z matką przeprowadziła się do Nowego Jorku. Tam uczęszczała do Professional Children's School, a także rozpoczęła karierę modelki, nawiązując współpracę z agencją Wilhelmina. Niedługo po tym pojawiła się w kampanii reklamowej marki Ralph Lauren, a także współpracowała z fotografką (a obecnie reżyserką) Sofią Coppolą"Gossip Girl's fairy-tale ascension", w: Qatar Tribune, 2009-04-09. [dostęp: 2010-07-12].