Historia Synagoga została ufundowana w 1620 przez pochodzącego z Chęcin bogatego żydowskiego kupca i finansistę Wolfa Bociana (Wolfa Poppera). Dzięki szczodrości Wolfa Poppera synagoga mogła poszczycić się najbogatszym wyposażeniem wnętrza spośród wszystkich krakowskich bożnic. Jej kosztowne utrzymanie doprowadziło kolejnych spadkobierców synagogi do poważnego zubożenia, graniczącego z bankructwem. W związku z tym synagogę przejęła krakowska gmina żydowska, która niezbyt troszczyła się o utrzymywanie jej świetności. Po raz pierwszy bożnicę wymieniono w spisie podatkowym z 1653.
Pierwotnie synagoga znajdowała się na zapleczu kamienicy Poppera przy ul. Szerokiej, a jej wschodnia ściana przylegała do muru obronnego Kazimierza. W 1813 przeprowadzono remont. W 1827 synagoga przeszła generalną rozbudowę: dobudowano przybudówki, w których ulokowano babiniec. Od strony ul. Szerokiej dobudowano mur z trójosiową bramą prowadzącą do synagogi.
Kolejne remonty wykonano w tej bóżnicy w 1860, w 1898 (nadbudowano kondygnację nad salą mężczyzn, przy zachodniej elewacji wybudowano drewniane schody, a okno na parterze zmieniono na wejście) i w 1904.