Mimo wyborczej porażki w 1994 partia nasiliła protesty, które zyskiwały coraz bardziej głośny charakter. W lipcu tego samego roku sekcja antyegzekucyjna związku zawodowego dokonała napaści na zarządcę komisarycznego w Kobylnicy. Rozpoczęto również budowę struktur terenowych, ugrupowanie uczestniczyło także w powołaniu, razem z Głównym Komitetem Pamięci Ofiar Stalinizmu w Polsce oraz Powszechną Partią Słowian i Narodów Sprzymierzonych, Frontu Narodowo-Patriotycznego im. 11 listopadaMateusz Piskorski: Samoobrona RP w polskim systemie partyjnym, Poznań 2010.. W lipcu 1994 przewodniczący Samoobrony Andrzej Lepper został aresztowany na dwa miesiące za napaść na zarządcę komisarycznego gospodarstwa ogrodniczego w Kobylnicy. Podczas nieobecności Andrzeja Leppera Janusz Bryczkowski zwołał nadzwyczajny kongres Samoobrony mający na celu odebranie przywództwa w partii Andrzejowi Lepperowi. Próba przejęcia władzy nie powiodła się z powodu braku kworum i lojalności części działaczy wobec Andrzeja Leppera.