W pierwszych dniach września 1939 r. gmach szkoły przejęło wojsko polskie, a następnie polski szpital wojskowy. Po jego ewakuacji do szkoły wprowadzono szpital niemiecki, a potem gestapo. Postępował proces dewastacji budynku. Po wysiedleniu gestapo gmach zajęła szkoła średnia dla Hitler-Jugend, później – na resztę lat okupacyjnych, znów niemiecki szpital wojskowy.
W lipcu 1945 r. powołano liczącą 24 osoby Radę Pedagogiczną Gimnazjum i Liceum Koedukacyjnego. Utworzono 15 klas liczących łącznie 819 uczniów. Decyzją Kuratorium nastąpił podział tymczasowego Koedukacyjnego Gimnazjum na dwie szkoły: Liceum i Gimnazjum (żeńskie) im. Marii Konopnickiej oraz Liceum i Gimnazjum (męskie) im. Ziemi Kujawskiej. W lipcu 1945 r. odbył się po raz pierwszy po wojnie egzamin maturalny. Świadectwa dojrzałości otrzymało 16 dziewcząt i 26 chłopców. W roku 1946 odeszła ze stanowiska dyrektora Zofia Degen–Ślósarska. Jej następczynią została Elżbieta Bąkowska, która kierowała liceum w latach 1947–1954. We wrześniu 1950 r. szkołę reorganizowano. Do Liceum przyłączono Szkołę Podstawową nr 1. W ten sposób powstała jedenastolatka, a jej nazwa brzmiała: Szkoła Ogólnokształcąca Stopnia Podstawowego i Licealnego im. Marii Konopnickiej. Nazwę zmieniono później na: Szkoła Podstawowa i Liceum Ogólnokształcące nr 2 im.