Uchodzi do Biebrzy w okolicach miejscowości Osowiec, położonej na obszarze Bagien Biebrzańskich. Wody dolnego biegu rzeki nie przepływają pierwotnym korytem – zostały skierowane do Biebrzy krótszą drogą: Kanałem Rudzkim wybudowanym na przełomie XIX i XX wieku, omijającym dużą część starego koryta. Stary odcinek ujściowy wykorzystuje obecnie Jegrznia (Lega) przed ujściem do Biebrzy.
Do głównych lewobrzeżnych dopływów Ełku należą: Mazurka, Połomska Młynówka, Karmelówka, Kanał Kuwasy, a prawobrzeżnych: Gawlik, Różanica i Binduga. Zlewnia, ukształtowana przez zlodowacenie bałtyckie, w większości zbudowana jest z glin zwałowych z fragmentami piasków i żwirów. Gleby brunatne właściwe i wyługowane oraz płowe charakteryzują się małą przepuszczalnością. Rzeźba terenu jest urozmaicona. Występują liczne pagórki, zagłębienia bezodpływowe (często zatorfione). W strukturze użytkowania zlewni znaczną powierzchnię zajmują lasy oraz grunty orne.