Niszczenie komórek okładzinowych skutkuje zmniejszonym wydzielaniem czynnika wewnętrznego oraz zwiększeniem pH. Bezkwaśność lub niedokwaśność upośledza uwalnianie witaminy B12 z kompleksów białkowych w pokarmach oraz powoduje zespół rozrostu bakteryjnego. Nadmiernie rozwinięta flora jelita cienkiego dodatkowo zużywa witaminę B12; wrodzony niedobór czynnika wewnętrznego, długotrwałe przyjmowanie inhibitorów pompy protonowej; związane z upośledzeniem wchłaniania kompleksu kobalamina-czynnik wewnętrzny w jelicie krętym: choroby jelita cienkiego (resekcja jelita, nowotwory, uchyłkowatość, choroba Leśniowskiego-Crohna), wrodzone, wybiórcze zaburzenie wchłaniania (rzadko) – najczęściej zespół Imerslund-Gräsbecka, celiakia. 3) Zwiększone zużycie przez organizmy obce (współzawodnictwo pokarmowe): zespół rozrostu bakteryjnego, infestacja bruzdogłowcem szerokim (difylobotrioza). 4) Inne: niedobór transkobalaminy II i niektóre inne mutacje prowadzące do homocystynurii, AIDS.
Objawy i przebieg Objawy niedokrwistości osłabienie, męczliwość upośledzenie koncentracji bóle i zawroty głowy tachykardia bladość skóry i błon śluzowych
Objawy ze strony przewodu pokarmowego utrata czucia smaku pieczenie języka utrata łaknienia, chudnięcie