W następnych latach Borochow stanął przed koniecznością organizowania żydowskiej samoobrony przed częstymi zamieszkami i pogromami.
W tej nowej partii politycznej Borochow mógł swobodnie realizować swoje poglądy syjonistyczne w zgodzie z wartościami marksistowskiego socjalizmu. W latach 1905–1907 współpracował ze Światową Organizacją Syjonistyczną, chcąc użyć jej jako podstawy do promowania syjonizmu socjalistycznego. W 1905 roku wziął udział w Siódmym Kongresie Syjonistycznym w Bazylei. W jego trakcie sprzeciwił się wobec planów budowy państwa żydowskiego w Ugandzie (za czym optował m.in. rząd brytyjski, tzw. plan ugandyjski). Borochow opowiadał się za kierunkiem palestyńskim wewnątrz organizacji. Swoje argumenty przedstawił w publikacji Kwestia Syjonu i Terytorium (1905 rok). W przekonaniu tym utwierdził go wybuch rewolucji 1905 roku, którą uznawał za wyraz dążeń emancypacyjnych narodów zamieszkujących tereny Imperium Rosyjskiego. W tym samym roku opublikował swoje pierwsze poważne studium pt. Kwestia narodowa i walka klas, w którym opisał walkę klas w różnych kontekstach społecznych i historycznych. Twierdził, że poza klasami uciskającymi i uciskanymi (system pionowy klas) w społeczeństwie istnieją jeszcze oddzielne grupy etniczne, posiadające własną kulturę i język (system horyzontalny klas).