Zamieszanie wokół jego osoby sprawiło jednak, że nie mógł znaleźć pracy w swoim rodzinnym mieście, zamieszkanym głównie przez nieufnie nastawionych do niego mieszczan. Zamieszkał w Lyonie, skąd często podróżował do Paryża, gdzie nawiązał kontakty ze środowiskiem niemieckich i rosyjskich emigrantów politycznych, a także zwolennikami filozofii Hegla, m.in. Michaiłem Bakuninem i Karolem Marksem. Szczególnie z dwoma ostatnimi prowadził często bardzo długie dysputy.
1845-1864 Kiedy w 1845 r. Marks otrzymał nakaz opuszczenia Francji, nawiązał kontakt listowny z Proudhonem, proponując mu współpracę przy tworzeniu międzynarodowego ruchu socjalistycznego, Proudhon odmówił, co spowodowało zerwanie znajomości. Rok później, gdy opublikował swoją kolejną pracę – System sprzeczności ekonomicznych, czyli filozofia nędzy (Systéme des contradictions économique ou la philosophie de la misére), Marks ustosunkował się do niej bardzo negatywnie. W 1848 r., mieszkając już w Paryżu, Proudhon opowiedział się po stronie rewolucji, pomagając wznosić barykady i pisząc odezwy rewolucyjne, ale czynił to raczej bez entuzjazmu. Postulował bowiem rewolucję nie polityczną, ale ekonomiczną – rozwiązującą konflikty społeczne bez krzywdzenia żadnej z klas. Tworzy wówczas ideę darmowego kredytu.