W lipcu 2008 Cigarini przeniósł się do Atalanty BC, która zapłaciła za niego pięć milionów euro. W nowym klubie Włoch zadebiutował 14 września podczas wygranego 1:0 spotkania wyjazdowego z Bologną. W sezonie 2008/2009 zanotował łącznie 23 występy w Serie A, w tym 21 w wyjściowej jedenastce i zdobył trzy gole. Strzelał bramki w pojedynkach z Cagliari Calcio (wygrana 1:0), Juventusem (remis 2:2) i Interem Mediolan (przegrana 3:4).
W czerwcu 2009 Cigarini za 9,5 miliona euro odszedł do SSC Napoli. 28 października w 93. minucie meczu z Milanem zdobył bramkę strzałem z woleja spoza pola karnego ustalając tym samym wynik spotkania na 2:2. W sezonie 2009/2010 rozegrał łącznie 27 meczów w Serie A, 11 w podstawowym składzie i 16 jako rezerwowy. 2 sierpnia 2010 Cigarini został wypożyczony za 350 tysięcy euro do Sevilli z opcją transferu definitywnego za 8 milionów euro. 31 sierpnia 2011 został wypożyczony do Atalanty BC. W pierwszym meczu ligowym sezonu 2011/2012 ponownie założył koszulkę Atalanty w zremisowanym 2:2 starciu z Genuą. 25 września, w meczu piątej kolejce z Novarą, po strzale zza pola karnego zdobywa bramkę pierwszą bramkę.