W 1946 został szefem sztabu Hagany. Podczas wojny domowej w Mandacie Palestyny włożył olbrzymi wkład w budowę podwalin przyszłych Sił Powietrznych Izraela. Równocześnie pozyskiwał nowe uzbrojenie dla artylerii i piechoty. W dniu 3 maja 1948 doszło między nim a Dawidem Ben Gurionem do różnicy zdań odnośnie do organizacji przyszłych sił zbrojnych. Wydarzenia te przeszły do historii pod nazwą „Rewolty Generałów”. W jej trakcie, w czerwcu Jisra’el Galili stracił swoje stanowisko dowódcze w Haganie. Pomimo to, nie wycofał się on z działalności wojskowej i podczas wojny o niepodległość odegrał bardzo ważną rolę. Między innymi uczestniczył w negocjacjach z przedstawicielami żydowskich organizacji paramilitarnych Irgun i Lechi na temat ich przystąpienia do Sił Obronnych Izraela. Pomagał także w realizacji zagranicznych zakupów broni i amunicji.
Kariera polityczna Galili był założycielem grupy młodzieżowej HaNoar HaOved (Pracująca Młodzież) i kibucu Na’an, w którym mieszkał aż do swojej śmierci.