Działania te zwróciły na niego uwagę Urzędu Bezpieczeństwa, który obserwował i szykanował go przez długie lata, jako jedną z nielicznych osób ze środowiska muzycznegoDanuta Gwizdalanka: Glosy i dygresje do 'teczek' i Dzienników Zygmunta Mycielskiego; http://www.instytutksiazki.pl/artykuly,polecamy,29046,glosy-i-dygresje-do-%27teczek%27-i-dziennikow-zygmunta-mycielskiego-%281%29.html.
Mimo utrudnień stwarzanych mu przez władze w latach 70., jego utwory kilkakrotnie wykonywano na festiwalu Warszawska Jesień, a sam Mycielski wyjeżdżał za granicę oraz publikował w „Ruchu Muzycznym”, m.in. stałe felietony, które wydano (w niewielkim nakładzie) w wersji książkowej.
W latach 1947–1948 i 1952–1954 był wiceprezesem, a w okresie 1948–1949 prezesem Zarządu Głównego Związku Kompozytorów Polskich (ZKP). Od 1985 do 1987 był członkiem jego prezydium. W latach 1954–1957 i 1960–1983 znajdował się także w składzie Komisji Kwalifikacyjnej ZKP. Od 1983 był członkiem honorowym Związku.
W grudniu 1975 roku był sygnatariuszem protestu przeciwko zmianom w Konstytucji Polskiej Rzeczypospolitej Ludowej (List 59)Kultura 1976/01/340 - 02/341 Paryż 1976, s. 236..