Według Kondrackiego jest to prowincja Karpaty Zachodnie, podprowincja Zewnętrzne Karpaty Zachodnie, makroregion Beskidy Środkowe, mezoregion Beskid Niski.
Leży w górnej części doliny Ropy, w niewielkiej kotlinie otoczonej zewsząd górami Beskidu Niskiego (tzw. Góry Hańczowskie). Od pd.-zach. ogranicza Wysową fragment głównego grzbietu karpackiego z górami Jawor (723 m n.p.m.) i Cigelka (805 m n.p.m.). Na pn.-zach. od miejscowości wznoszą się Bziany (740 m n.p.m.) i Zrub (744 m n.p.m.), na pn. – Gródek (ok. 702 m n.p.m.), od wsch. – Czarny Dział (Kozilce, 706 m n.p.m.) i Wysota (784 m n.p.m.). Wysowa-Zdrój położona jest w strefie klimatów górskich. Południowa część wsi położona w strefie wododziałowej Karpat.
Powierzchnia wsi wynosi ok. 20 km², co stanowi ok. 7% gminy Uście Gorlickie.
Położenie administracyjno-polityczne Wysowa-Zdrój znajduje się w południowej Polsce, w województwie małopolskim. Należy do powiatu gorlickiego, będącego najdalej wysuniętym na południowy wschód powiatem województwa. Położona jest na południowym zachodzie powiatu, na południu gminy Uście Gorlickie, która jest jedną z największych, pod względem powierzchni, gmin w Polsce.