Te wydarzenia podsyciły konflikt Eldritcha z macierzystą wytwórnią płytową East West Records, spadkobierczynią WEA. Doprowadziło to w rezultacie do zaprzestania dystrybucji płyt zespołu na terenie Stanów Zjednoczonych i są one tam dostępne tylko w drodze importu z Europy.
W 1991 odszedł James (w 1992 r. wrócił na krótko do grupy, aby wziąć udział w nagraniu i promocji singla "Temple of Love" – nie brał jednak udziału w trasie koncertowej). Pod koniec 1992 r. grupa zawiesiła działalność. Rok później wznowiła ją w składzie z gitarzystą Adamem Pearsonem (pod koniec 1993 r. na kilka koncertów do grupy jako drugi gitarzysta wrócił Andreas Bruhn). Jednocześnie na rynku pojawiło się wydawnictwo "Some Girls Wander by Mistake" (1992) – które jest zbiorem wczesnych dokonań zespołu. Jednak jedynym efektem studyjnym działalności Sisters of Mercy był singel Under The Gun z 1993 r. W tym samym roku wydano płytę "A Slight Case of Overbombing" (1993) będącą swoistym greatest hits.