Podczas wojny Napoleona z Rosją w 1812 roku miasteczko pełniło funkcję siedziby powiatu, w miejsce spalonego Wołkowyska. W 1878 roku na 577 mieszkańców, 487 stanowili Żydzi. W XIX wieku rosyjskie władze zaborcze przejęły unicką cerkiew p.w. Św. Michała i uruchomiły w niej cerkiew prawosławną (miejscowa ludność unicka po synodzie połockim powróciła do prawosławia).
W latach 1921–39 należało do II Rzeczypospolitej jako wieś siedziba wiejskiej gminy Izabelin w powiecie wołkowyskim województwa białostockiego, było jednocześnie siedzibą filiału wileńskiej parafii ewangelicko-reformowanej. W 1929 w mieście funkcjonował kościół ewangelicki, cerkiew oraz synagoga. W lipcu 1933 roku rozpoczęto budowę drewnianego kościoła katolickiego p.w. Matki Boskiej Nieustającej Pomocy, ukończonego w roku następnym. Kościół ten spłonął w 1941 roku.
W Izabelinie urodzili się: Maurycy Grabowski (1800-1875, hrabia, kapitan wojsk belgijskich), Gustaw Strawiński (1837-1905, oficer, powstaniec styczniowy), Michał Jastrzębski (1902–1938, duchowny ewangelicko-reformowany)..