W latach 1914–1918 pracował jako asystent w . Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości, w 1918 przeniósł się do Warszawy, gdzie objął stanowisko adiunkta Obserwatorium Astronomicznego Uniwersytetu Warszawskiego, na którym pozostawał do 1927. Od 1922 do maja 1923 był p.o. dyrektora. W 1925 habilitował się w Uniwersytecie Stefana Batorego w Wilnie. W 1927 uzyskał nominację na profesora nadzwyczajnego astronomii praktycznej na Wydziale Geodezyjnym Politechniki Warszawskiej, a w 1937 został mianowany profesorem zwyczajnym na Wydziale Inżynierii Politechniki Warszawskiej. Był założycielem obserwatorium astronomicznego należącego do Politechniki, a także jego kierownikiem w latach 1925–1955. Na przełomie 1942 i 1943 został ranny w nalocie bombowym. Pod koniec II wojny światowej upowszechniał astronomię wśród młodzieży w Piotrkowie Trybunalskim. W czasie wojny także policzył zmiany orbity komety 22P/Kopff oraz jej efemerydę na 1945. W lipcu 1944 z pomocą Tadeusza Banachiewicza przekazał wyniki swoich obliczeń obserwatoriom amerykańskim, które obserwowały zgodnie z tą efemerydą. W czasie powstania warszawskiego Kępiński w wyniku wybuchu bomby został ranny i stracił oko. Na emeryturę przeszedł w 1960.