27 lipca 1944 roku archiwum ponownie rozpoczęło działalność, a dyrektorem w latach 1944–1949 był ponownie Leon Białkowski. Dr. Romanowi Szewczykowi udało się zabezpieczyć materiały władz okupacyjnych (w tym akta obozu na Majdanku, więzienia na Zamku, Gestapo, żandarmerii, gubernatora dystryktu Lubelskiego), których wycofujący się w pośpiechu Niemcy nie zdążyli zniszczyć. Po wojnie do zasobu APL weszły przejęte z majątków ziemskich archiwa rodowe i archiwa prywatnych zakładów przemysłowych, oraz księgi grodzkie, miejskie i ziemskie. W latach 1952–1983 archiwum nazywało się „Wojewódzkie Archiwum Państwowe w Lublinie”, któremu podlegały archiwa powiatowe w Łukowie, Kraśniku, Zamościu i Chełmie. W latach 1949–1955 dyrektorem była dr Mirosława Zakrzewska-Dubasowa, a w latach 1955–1965 Tadeusz Mencel. W 1950 roku przejęto samodzielne dotąd „archiwum miejskie”. W 1962 roku dokonano rewindykacji najstarszych ksiąg grodzkich, ziemskich i miejskich oraz akt żandarmerii rosyjskiej.