Ponadto SG Flensburg-Handewitt cztery razy wywalczył Puchar Niemiec (2003, 2004, 2005 i 2015), a także dwa razy sięgnął po Superpuchar Niemiec (2000 i 2013).
W Lidze Mistrzów zadebiutował w sezonie 2003/2004, w którym dotarł do finału, lecz przegrał w nim ze słoweńskim RK Celje (28:34; 30:28). W sezonie 2005/2006 drużyna doszła do półfinału LM, a w sezonie 2006/2007 ponownie awansowała do finału, przegrywając tym razem z THW Kiel (28:28; 27:29). W sezonie 2013/2014, po zmianie systemu rozgrywania LM, zespół awansował do Final Four – w półfinale pokonał FC Barcelonę (41:39), a w rozegranym 1 czerwca 2014 finale wygrał z THW Kiel (30:28), zostając zwycięzcą Ligi Mistrzów. W 2014 wziął udział w Super Globe, w którym zajął 3. miejsce po zwycięstwie z katarskim El Jaish (27:17).
SG Flensburg-Handewitt zdobył też Puchar EHF w sezonie 1996/1997, pokonując w rozegranym 13 i 19 kwietnia 1997 dwumeczu finałowym duński Virum-Sorgenfri HK (22:25; 30:17). Wywalczył także Puchar Miast w sezonie 1998/1999, a w sezonach 2000/2001 i 2011/2012 triumfował w Pucharze Zdobywców Pucharów.