W marcu 2000 roku kolegium Instytutu Pamięci Narodowej opublikowało swoje stanowisko w tej sprawie, stwierdzając m.in.: „Tryb wyboru Prezesa Instytutu nie wymaga od kandydatów przedstawienia informacji o przynależności partyjnej dawnej lub obecnej. W związku z tym prof. Chwalba nie wprowadził kolegium świadomie w błąd. Kolegium wyraża ubolewanie z powodu trudności, jakie napotyka profesor na UJ”. Według doniesień medialnych Andrzejowi Chwalbie zarzucono, że świadomie wprowadził kolegium IPN w błąd, a „dopiero po kilku miesiącach okazało się, że profesor postępował zgodnie z trybem wyboru prezesa IPN i nikogo w błąd nie wprowadził”Dziennik Polski, wydanie z 14 kwietnia 2000, s. 33..
Andrzej Chwalba był inicjatorem ustanowienia Nagrody im. Henryka Wereszyckiego i Wacława Felczaka, przyznawanej od 2001 roku historykom polskim i zagranicznym za książki poświęcone dziejom Europy Środkowej oraz nagrody dla najlepszego nauczyciela szkół średnich w Krakowie. Był prezesem krakowskiego oddziału Polskiego Towarzystwa Historycznego (2003–2012). We wrześniu 2004 roku współorganizował XVII Powszechny Zjazd Historyków Polskich w Krakowie. Od 2006 roku jest członkiem Społecznego Komitetu Odnowy Zabytków Krakowa (SKOZK).