Szyfr Cezara obecny jest także w dzisiejszych czasach. Ma zastosowanie w zabawkach typu secret decoder ring (dwa przylegające i obrotowe względem siebie pierścienie z nadrukowanymi kolejnymi literami alfabetu), a szyfr z przesunięciem 13, tzw. ROT13, jest stosowany jako prosta metoda ukrycia treści (np. puenty dowcipów i zakończeń fabuły – tzw. spoilery), szeroko rozpowszechniona w systemach Unix.
Szyfr Vigenère’a jest natomiast szyfrem Cezara ze zmiennym przesunięciem na każdej pozycji w tekście. Wartość przesunięcia jest definiowana przez dowolne słowo kluczowe. Jeśli słowo kluczowe jest losowe i o długości nie krótszej niż sama wiadomość, wtedy jest to szyfr z kluczem jednorazowym, niemożliwy do złamania, pod warunkiem utrzymania klucza w tajemnicy. Klucz krótszy od wiadomości (jak np. słowa Complete Victory używane przez Konfederację podczas wojny secesyjnej) niesie ze sobą powtarzający się wzór, który może być rozpoznany przez zaawansowane techniki analizy częstościowej.
Kryptoanaliza Nie istnieją żadne źródła mówiące o technice złamania prostych szyfrów podstawieniowych w starożytności.