W styczniu 1991 roku urzędujący prezydent Siad Barre uciekł z pogrążonego w chaosie kraju. Jego następcą został Ali Mahdi Mohamed, który przywrócił konstytucję z 1960 roku. W maju tego samego roku Somalijski Ruch Narodowy jednostronnie proklamował niepodległość Republiki Somalilandu (na obszarze dawnego protektoratu brytyjskiego), nie uznaną przez międzynarodową społeczność. Walka o władzę kilkunastu ugrupowań o charakterze klanowym, doprowadziła w 1992 roku do zniszczenia struktur państwowych i masowego uchodźstwa ludności cywilnej. Organizacja Narodów Zjednoczonych ogłosiła embargo na dostawę broni do kraju oraz zorganizowała zbrojną interwencję w celu umożliwienia pomocy humanitarnej. Akcja zakończyła się w 1994 roku opanowaniem klęski głodu. Porozumienie pokojowe z 1994 roku nie przyniosło zakończenia walk. Żaden z trzech samozwańczych prezydentów nie zdobył uznania za granicą. W 2000 roku w wyniku konferencji pojednania narodowego utworzono władze centralne kraju i parlament. Centralne władze kontrolują jedynie stolicę i część kraju, a w kraju stale toczy się wojna domowa. W 2006 roku władzę w stolicy przejęli fundamentaliści religijni z Unii Trybunałów Islamskich. Przeciwko ich rządom w latach 2006–2009 doszło do interwencji wojsk etiopskich.